Vous souhaitez savoir pendant combien de temps il est possible de relancer un usager qui n'a pas rendu ses documents malgré l'envoi de rappels.
Vous souhaitez savoir également si, au bout d'un an, vous avez l'obligation de supprimer la liste des prêts et les données personnelles d'un usager qui n'aurait pas rendu les documents empruntés à la bibliothèque et considérer que les documents sont perdus.
Vous précisez que ce type de comportement concerne principalement des étudiants qui ne reviennent plus à la bibliothèque à la fin de leur cursus.

Il n'existe pas de règle générale concernant le nombre de relances à effectuer pour un usager qui n'a pas rendu ses documents et le délai au bout duquel on cesse les relances : ces dernières sont précisées par chaque établissement dans son règlement intérieur.
Généralement, ce dernier fixe un nombre de relances au delà duquel une demande de remboursement des documents est envoyée et le dossier est transmis à un service de recouvrement qui prend en charge le contentieux (Trésor Public ou Agence comptable pour une université).
Voir par exemple, l'article 81 du Règlement de visite de la bibliothèque municipale de Lyon ayant fait l'objet d'une délibération en conseil municipal :

"Article 81/ Un retard de plus de 2 mois dans le retour d’un document entraîne le lancement d’une procédure par la Recette des Finances. Si le lecteur a les documents en sa possession, il devra les rendre au plus vite, en cas de perte, il devra dédommager la BmL à hauteur d’un tarif forfaitaire des documents.
Les frais de gestion restent dus et ne feront l’objet d’aucun remboursement, même en cas de retour des documents."

Voir aussi l'actualisation du règlement intérieur de la médiathèque Mériadeck de Bordeaux : Bibliothèque de Bordeaux. Documents non restitués. Nouvelle procédure et actualisation du règlement intérieur. Autorisation. Dominique Ducassou, 2011.

Voir enfin le point 3.3.1 du Règlement intérieur des bibliothèques universitaires de l’UCBL (l’Université Claude Bernard Lyon 1)  :

"Trois rappels sont successivement adressés aux utilisateurs en cas de retard par messagerie électronique.
Si les documents empruntés ne sont pas restitués ou remboursés dans les conditions prévues à l’article 3.2.1, le SCD transmet les dossiers :
• des étudiants concernés au service de la scolarité qui bloque la réinscription et la délivrance des diplômes ;
• des autres catégories d’utilisateurs à l’Agence comptable pour qu’il soit procédé au recouvrement forcé sur la base d’un état exécutoire."

Par ailleurs, dans la plupart des bibliothèques universitaires, un quitus est exigé pour la validation du diplôme ou le transfert d'un dossier en cas d'inscription dans une autre université.
Exemple dans les bibliothèques universitaires de Rennes : Obtenir un quitus. Université Rennes 1.

Concernant la question de la conservation des données personnelles, le site de la CNIL indique que c'est la norme simplifiée NS-009 qui s'applique aux Bibliothèques :

"La norme simplifiée n° 9 concerne les traitements relatifs à la gestion des prêts de livres, de supports audiovisuels et d'oeuvres artistiques et des consultations de documents d'archives publiques. Ils doivent avoir pour objet la gestion financière des prêts, la récupération des ouvrages ou supports prêtés et l’élaboration de statistiques.
Les données enregistrées sont relatives à l'emprunteur (identité, catégorie professionnelle, sous forme facultative la nature de la recherche) et les caractéristiques du prêt ou de la communication (désignation de l’oeuvre (titre, nom de l’auteur, de l’éditeur, etc.) ou du document d’archive, cotes de catalogage ou de classement, date, date(s) de relance). Les données enregistrées sont conservées pendant la durée d'utilisation du service de prêt ( la radiation intervient d’office dans un délai d’un an à compter de la date de fin du prêt précédent). Les informations concernant chaque prêt sont conservées jusqu’à la fin du quatrième mois suivant la restitution de l’objet du prêt. Au-delà de ce délai, les informations sont détruites. (...)

Il est indiqué ensuite dans la rubrique "Durée de conservation des données" :

" Pendant la durée d'utilisation du service de prêt pour ce qui concerne l'identité de l'emprunteur. La radiation doit intervenir d'office dans un délai d'1 an à compter de la date de fin du prêt précédent. Jusqu'à la fin du 4ème mois suivant la restitution de l'objet du prêt pour les informations concernant chaque prêt. Au-delà de ce délai, les informations sur support magnétique sont détruites ; elles ne peuvent être conservées sur support papier que pour les besoins et la durée d'un contentieux éventuel. Jusqu'au prochain récolement (inventaire) et dans la limite d'une durée maximum de 10 ans s'agissant des consultations des documents d'archives."

La formulation est peu claire mais il semblerait donc que dans un délai d'un an à compter de la date de fin de prêt et même si le document n'est pas rendu, le lecteur doit être radié et les éléments nécessaires au suivi contentieux uniquement conservés sur support papier.
Cependant, pour plus de précisions, nous vous conseillons de contacter directement la CNIL : page de contact.

Vous pourrez également prendre connaissance d'une discussion sur ce sujet sur le forum Agorabib : Suppression des usagers inactifs
 

Nous ne sommes pas en mesure de vous préciser au bout de combien de temps, les établissements cessent toute poursuite et considèrent qu'un document est définitivement perdu. Selon nous, seuls les services de recouvrement sont en mesure d'indiquer à la bibliothèque si les procédures ont été classées sans suite.

Dans une précédente réponse de notre service (Pendant combien de temps est-il possible de réclamer à un usager des documents non-rendus ?) à une question proche de la vôtre, la possibilité d'exclure définitivement un usager était envisagée, or, cette mesure ne vous serait d'aucune utilité si les personnes concernées (étudiants en fin d'études) n'ont aucune intention de revenir à la bibliothèque.

Enfin, vous serez peut être intéressée par la réponses suivante :

• Quelles pénalités mettre en place pour les retards ? Questions? Réponses! 2013