Vous cherchez des documents sur le classement des connaissances humaines sous forme d'arborescence hiérarchique (sur le modèle de la Classification des sciences de
Bacon).

La notice Classification du dictionnaire de l'enssib indique que les classifications universelles utilisées en bibliothèque sont toutes - au moins en partie - hiérarchiques (Classification décimale de Dewey, Classification de la Bibliothèque du Congrès, Classification décimale universelle), mais que "l’organisation hiérarchique des classifications cède de plus en plus le pas à des architectures relationnelles, étudiées notamment pour tenter de donner un ordre aux données circulant sur le Web. Ces architectures relationnelles sont les héritières des classifications à facettes (la plus célèbre est la classification de Colon) et rejoignent les modalités de construction des thésaurus."

La bibliographie vous permettra d'identifier les principaux documents sur le sujet - du point de vue des bibliothécaires.
Elle signale notamment un article de 1988 sur l'étude des classifications (Taxilogie et classification).
Nous avons également consulté le livre Library classification trends in the 21st century (Rajendra KUMBHAR. Chandos Publishing, 2011).
L'auteur évoque l'hégélianisme à l'origine des systèmes de classification modernes, comme la classification de Charles Cutter.
En ce qui concerne l'histoire des classifications hiérarchiques, il mentionne cet article : Hierarchy, hierarchical relation and hierarchical arrangement. A. Neelameghan. Information Studies, 8 (I), 9-23.

Le Dictionnaire encyclopédique du livre propose également une notice "Classification", rédigée par Daniel Parrochia, qui constitue une bonne synthèse historique : l'article présente en illustration l'arbre généalogique de l'homme selon E. Haeckel (Anthropogénie, 1877). Il distingue les classifications des sciences crées par les philosophes (Aristote, Bacon, d'Alembert, Ampère, Comte), les classifications encyclopédiques à l'usage des bibliothèques, souvent héritières des précédentes (comme la classification Dewey, héritière de la classification Harris, que l'on fait remonter soit à Hegel, soit même à Bacon), et les classifications spécialisées (botanique, zoologie, chimie), étudiées par Dagognet et Benzécri. Concernant les classifications bibliothéconomiques, l'auteur indique que les travaux sur les arbres remontent aux chimistes Kekulé et Frankland. Il évoque enfin la théorie des classifications de Léo Apostel.

Un article récent indique que les premières hiérarchies des divisions sont héritées de l'ordre des préséances des facultés universitaires médiévales (théologie, droit, médecine, arts), présentes dans le premier catalogue de la Sorbonne de 1290, dans celui de la bibliothèque de l'Escorial et dans la gradation de Conrad Gesner dans le Plan des Pandectes. Il évoque également le "baconisme classificatoire" de l'ère des Lumières, illustré par l'article "catalogue" de l'Encyclopédie et le plan baconien de la bibliothèque de Thomas Jefferson :
Catalogues et classifications à l'ère de l'imprimé. Valérie Neveu. in De l'argile au nuage : une archéologie des catalogues. Bibliothèque Mazarine, Bibliothèque de Genève et Éditions des Cendres, 2015

Nous pouvons enfin vous signaler l'étonnante classification de l'historien de l'art Aby Warburg, qui vous intéressera peut-être, bien qu'elle ne soit pas proprement hiérarchique.

Enfin, comme votre question est d'ordre philosophique ou historique, vous pouvez pour plus de précisions interroger le service de référence de la Bibliothèque nationale de France, qui pourra vous signaler s'il existe des documents en histoire des sciences et des savoirs, épistémologie (nous pensons par exemple aux travaux de Christian Jacob sur les Lieux de savoir, "réflexion sur la manière dont les savoirs s’élaborent, prennent forme et se transmettent").