Vous cherchez des exemples de bibliothèques qui ont été conçues avec des approches plaçant l'usager au cœur du projet, à l'instar de la médiathèque entre Dore et Allier à Lezoux. Vous aimeriez avoir des références d'agences d'aide à la maîtrise d'oeuvre comme celle qui a accompagné Lezoux.

Il existe de nombreux exemples de démarches participatives, mais nous connaissons moins de récits concernant la phase de conception d'une nouvelle bibliothèque.
Nous avions répondu à une question sur les projets similaires à celui de la bibliothèque de Lezoux il y a un an exactement. Nous citions l'exemple d'un projet de nouvelle médiathèque à Vienne.
Nous pouvons citer la démarche de la bibliothèque Louise Michel à Paris, dont vous trouverez une présentation dans l'ouvrage Construire des pratiques participatives dans les bibliothèques (sous la dir. de Raphaëlle Bats, Presses de l'enssib, 2015. Présentation).
On trouve dans le dossier Pratiques participatives de Bibliothèque(s) n°83 (mars 2016), le récit de la démarche participative de la conception de la médiathèque de Méricourt-sous-Lens.
La bibliothèque de Lyon a travaillé avec les habitants du quartier de Gerland pour concevoir sa nouvelle bibliothèque, qui a ouvert le mois dernier.
Une précédente réponse sur les bibliothèques participatives (mars 2017) vous permettra d'identifier d'autres documents sur le sujet, ainsi que celle sur la question de la consultation des habitants sur l'organisation d'un réseau de lecture publique (avril 2017).

En ce qui concerne votre seconde question : pour bien comprendre le rôle des différents acteurs dans un projet de construction, tels que maîtres d'oeuvre, maîtres d'ouvrages, assistances à maîtrise d'ouvrage (AMO), nous vous conseillons la lecture du guide de l'AMO : repères et terminologie, guide réalisé pour le compte du Syndicat des Programmistes en Architecture et en Aménagement, sur commande de l’Union des Caisses Nationales de Sécurité Sociale dont il est fait mention dans l'ouvrage Concevoir et construire une bibliothèque : du projet au fonctionnement. 2e édition, Éditions du Moniteur, 2016 (Présentation).

Le Syndicat des programmistes en architecture et en aménagement propose un annuaire.
Vous trouverez également des références d'agences dans Biblioannuaire.fr, l'annuaire des fournisseurs de bibliothèques, dans la rubrique Études et assistance à maîtrise d'ouvrage (AMO).