Le Dictionnaire encyclopédique du livre (Tome 2 : E-M), propose une entrée "magasin" (p. 835) ; extraits :
"magasin
n.m. - De l'arabe makhazin, pluriel de makhzin, "dépôt, arrière-boutique, arsenal", par le provençal.

I.1. Bibliothéconomie. Local ou ensemble de locaux affecté au rangement et à la conservation des documents, et distinct des espaces publics et des bureaux, dans une bibliothèque. - Angl. (reserve) stacks.
Les magasins sont apparus tardivement dans les bibliothèques. Au Moyen-Age, celles-ci regroupaient en un même salle le rangement des livres et leur consultation. [...]
Les magasins apparaissent véritablement avec la construction de la la bibliothèque Sainte Geneviève par Henri Labrouste en 1851. Compte-tenu de la double nécessité d'accueillir un public très nombreux et de ranger plus de 450 000 volumes, Labrouste décida, pour gagner de la place, de regrouper la plupart des livres dans des magasins, ou "dépôts" nettement séparés de la salle de lecture [...]

2. Imprimerie. Local attenant à l'imprimerie, où sont entreposés matériaux (papier, encres, etc.), fournitures (caractères, garnitures, lingots, etc.) et produits finis (cahiers imprimés, ouvrages brochés ou reliés, etc.).

Source :
Dictionnaire encyclopédique du livre [2] E-M sous la direction de Pascal Fouché, Daniel Péchoin, Philippe Schuwer ; et la responsabilité scientifique de Pascal Fouché, Jean-Dominique Mellot, Alain Nave... [et al.].Paris, Éd. du Cercle de la librairie, 2005, XI – 1074 p., 31 cm
ISBN 2-7654-0910-2

Le terme magasin s'est, semble-t-il imposé dans les bibliothèques depuis la fin du 19ième siècle, même s'il cohabite avec d'autres termes, comme "réserve", "dépôt", "silo" ou "tour à livres".

Pour compléter cette réponse, nous vous invitons à consulter "Le bibliothécais sans peine, petit manuel de conversation courante à l'usage des visiteurs pressés" de Noëlle Balley, dans le lequel vous trouverez des définitions amusantes de tous les mots qui composent le "jargon" des bibliothèques :
Balley, Noëlle. Le bibliothécais sans peine. BBF, 2007, n° 3, p. 78-81. Disponible sur : http://bbf.enssib.fr/consulter/bbf-2007-03-0078-015 (consulté le 8 juin 2012.)

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