Vous souhaitez savoir si vous êtes obligé d'accepter les instructions des élus en matière de politique documentaire.
Le débat est toujours ouvert et nous ne sommes pas en mesure de vous apporter de réponses définitives.

En effet, selon Noé Wagener, maître de conférences en droit public (Université Paris-Est Créteil), la question est posée en ces termes :
Source : Le bibliothécaire face au pouvoir hiérarchique : une analyse juridique, Droit, patrimoine & culture, 27 septembre 2016

L’obéissance est une obligation juridique, en effet : elle est posée à l’article 28 de la loi du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires (titre Ier du statut général), aux termes duquel tout fonctionnaire doit, par principe, « se conformer aux instructions de son supérieur hiérarchique ».[...]
Quelle est portée de cette obligation d’obéissance aux instructions hiérarchiques ? Une portée très grande. Ainsi, le maire peut prendre toutes les mesures qu’il juge nécessaire, et les ordres donnés sont obligatoires. Cela concerne aussi bien la politique d’acquisition que n’importe quel acte matériel (par exemple : le type de périodiques en consultation libre sur les présentoirs).
Les seules limites au maire sont celles posées par les lois et règlements. Encore faut-il aussitôt préciser que les bibliothécaires ne peuvent, de toutes façons, tirer que très modérément partie de ces limites pour contrevenir à un ordre : ils ne peuvent déroger au devoir d’obéissance que dans le cas où l’ordre donné est « manifestement illégal et susceptible de compromettre gravement un intérêt public ». Autrement dit, la simple illégalité d’un ordre ne dispense en rien l’agent d’obéir (c’est pourquoi, dans la jurisprudence, on constate que c’est essentiellement dans l’hypothèse où l’exécution de l’ordre conduirait l’agent à commettre une infraction pénale qu’il sera tenu pour manifestement illégal).

Dans ces conditions, comment les bibliothécaires peuvent-ils agir pour sauvegarder leur autonomie en matière d'acquisition ?
L'auteur évoque différentes pistes :

la Charte des bibliothèques, le Manifeste de l’Unesco, le Code de déontologie de l’ABF ou les multiples « chartes documentaires ». A cet égard, il est intéressant d’observer les nombreuses « bonnes pratiques » qui se sont instituées (cf. le récent vademecum de l’ABF, « Se positionner dans sa collectivité », qui détaille les différentes manières d’adapter sa posture aux réactions de ses élus).

Ce Vademecum est un texte qui peut, à notre sens, considérablement vous aider à ouvrir un dialogue constructif avec vos élus, et à tenter ainsi de préserver votre autonomie en matière de politique documentaire. En page 7, le paragraphe La mise en oeuvre et les marges d'autonomie vous donne des pistes pour agir en ce sens :

Mais il faut surtout recommander une formalisation de la politique documentaire, sous la forme au moins d'un document général tel qu'une charte d'acquisition, qui énonce les critères selon lesquels les choix sont faits. Ce document peut d'ailleurs être validé par l'autorité territoriale ou mieux encore par l'assemblée délibérante. Une telle démarche peut, sans l'empêcher, faciliter le dépassement de l'arbitraire des uns et des autres. C'est aussi un outil démocratique, puisque la politique documentaire est alors portée à la connaissance des citoyens.

Dans ce Vademecum, vous trouverez également les différents recours possibles en cas de graves difficultés : les syndicats ou les associations des professionnels de bibliothèques en tout premier lieu.

Pour finir, nous vous invitons à consulter le forum Agorabib où sont évoquées des problématiques proches des vôtres :
      Ethique et collections
      Question d'oral
Bien qu'issue d'une question posée à l'oral, cette seconde discussion est instructive par les témoignages qu'elle suscite.
Vous pouvez vous-mêmes exposer vos propres préoccupations, et connaître ainsi les stratégies de personnels dans votre cas.
En effet, il est important de ne pas rester seul face à de telles difficultés, comme le rappelle le Vademecum de l'ABF évoqué plus haut.

A toute fin utile, vous pouvez également consulter cette réponse de notre service concernant l'acquisition des essais politiques (rédigée en 2014) :
 Essais politiques : quelle politique documentaire ?