Le Guide pratique du droit d'auteur indique que les droits sur un texte appartiennent à l'auteur, quel que soit son statut (salarié, stagiaire, etc.) - sauf à de rares exceptions (par exemple, une administration peut exploiter les textes écrits par un agent public de l’État dans le cadre de l’exercice de ses fonctions).
Source : Guide pratique du droit d’auteur. Anne-Laure Sterin. Maxima-L. Du Mesnil, 2011 (pages 43-44)

Dans votre cas précis, le texte de référence est probablement l’Arrêté du 7 août 2006 relatif aux modalités de dépôt, de signalement, de reproduction, de diffusion et de conservation des thèses ou des travaux présentés en soutenance en vue du doctorat. http://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT0000006350... Extraits :
Article 5 : « La reproduction et la diffusion de la thèse sur un autre support sont subordonnées à l'autorisation du nouveau docteur sous réserve de l'absence de clauses de confidentialité. »
Article 11 : « Sauf dans le cas d'une clause de confidentialité, l'établissement de soutenance assure en son sein l'accès à la thèse. La mise en ligne de la thèse sur la toile est subordonnée à l'autorisation du nouveau docteur sous réserve de l'absence de clauses de confidentialité. »

D'après cet arrêté, l’auteur d’une thèse ne peut pas interdire l’archivage et la communication de la version papier ; en revanche, la mise en ligne de la thèse est soumise à son autorisation.

C’est ce qu’indiquent plusieurs chartes des thèses ; nous vous signalons par exemple la Charte des thèses Normandie université. http://www.unicaen.fr/medias/fichier/charte-theses-ucbn_1346758129310-pdf

Cordialement,

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