Si nous comprenons bien votre question : en premier lieu elle semble correspondre de votre part à un souci d'ordre juridique afin de vous garantir de toute réclamation ou mise en question de la part de votre autorité de tutelle. En second lieu vous nous demandez si une autorisation permanente de désherbage peut être instituée (comme cela se fait en bibliothèques) pour un centre de documentation relevant d'une autorité territoriale.

En introduction vous pouvez consulter une Fiche pratique sur le sujet, disponible en ligne sur le site de l'école :
http://www.enssib.fr/bibliotheque-numerique/document-1735 (consulté le 27 novembre 2008)

Nous vous livrons notre analyse :

1. Cadre législatif du désherbage

La loi du 7 janvier 1983 relative aux compétences entre les communes, les départements, les régions et l'État définit le transfert par ce dernier à une collectivité des compétences en "mettant à sa disposition des biens meubles ou immeubles utilisés, à la date de ce transfert, pour l'exercice de cette compétence" (art.19). De fait, la prise en compte des caractéristiques domaniales et de propriété des collections documentaires à désherber est une donnée préalable indispensable pour asseoir sur des bases juridiques correctes toute politique ou pratique de désherbage.

Votre travail bibliothéconomique se décomposera alors en plusieurs phases, pour lesquelles il vous faudra :

1-Identifier le statut domanial et de propriété des documents susceptibles de faire l'objet de votre opération de désherbage :

a-Répartir les collections relevant du domaine public et du domaine privé (si un document fait partie du domaine public, il est assujetti à la règle de l’inaliénabilité, alors que s’il appartient au domaine privé, c’est la règle inverse qui prévaut.)
b-Identifier les personnes publiques propriétaires des collections (dans votre cas, il semble s’agir d’une collectivité territoriale).

2-Examiner avec soin les conséquences du statut domanial des documents sur les opérations de désherbage :
a-Le déclassement des documents, procédure préalable à leur sortie du domaine public. La compétence pour opérer le déclassement appartient à la collectivité propriétaire, plus exactement, c’est l’assemblée délibérante de votre collectivité territoriale qui détient cette prérogative (Il s’agit d’actes modifiant la composition de leur patrimoine).
b-La procédure de sortie définitive du patrimoine public, c'est à dire leur élimination ou l'aliénation.
S’agissant des collections relevant des collectivités territoriales, seules les instances compétentes peuvent décider de la destruction, dons, échanges ou ventes des collections. Les responsables du centre de doc et les bibliothécaires ne détiennent que la mission d’initier la procédure et non celle de prendre eux-mêmes les décisions concluant cette procédure. Ils doivent donc établir avec précision la liste des ouvrages objet du désherbage, justifier les motifs d’élimination, formuler éventuellement des suggestions quant à leur devenir ultérieur.

2. Autorisation (délibération par exemple pour les collectivités) de désherbage

Nous n’avons pas trouvé de texte législatif mentionnant une "autorisation permanente" de désherbage.
La bibliothèque, en effet, relève d’une tutelle et se doit de faire déclasser comme tout établissement public les ouvrages dont elle dispose et qui appartiennent au domaine public.

Ceci dit, dans l'ensemble, les instances font plutôt confiance au personnel de la bibliothèque ou du centre de documentation et le désherbage est considéré comme une technique bibliothéconomique propre aux établissement, au même titre que la politique d'acquisition. L'usage courant réside alors dans un échange de courriers formalisant les opérations routinières, dans le cadre de la politique documentaire générale, précisant les critères généraux de désherbage, et cela souvent une fois pour toutes.
Dans ce cas, l'envoi à sa tutelle de listes de suppressions n'est pas non plus systématique.

La solution pour votre établissement semble donc être de convenir d’une autorisation (avec mise en place une fois pour toutes d'une procédure) directement auprès de l’instance délibérative de votre collectivité, voire de vous rapprocher du service juridique de cette dernière afin d’éclaircir les éventuelles interrogations qui demeureraient - en particulier si vous avez mission, dans votre centre de documentation, de conserver des types de documents particuliers, propres à votre collectivité, soit un aspect archivistique.

En cas de doute, ou de conflit, nous vous proposons également de solliciter l’association professionnelle ADBS http://www.adbs.fr (consulté le 26 novembre 2008) directement ou par le biais de leur liste de diffusion professionnelle, adbs-info : http://www.adbs.fr/adbs-info-43104.htm?RH=1214308631551 (consulté le 26 novembre 2008)

Veuillez noter que cette réponse n'a bien entendu pas de valeur juridique.

Bibliographie :
Les phases-étapes du désherbage sont explicitées de manière simple mais solidement argumentée dans l'ouvrage suivant :

-GAUDET Françoise, Lieber Catherine, Désherber en bibliothèque : manuel pratique de révision des collections. 2e éd. Paris : Cercle de la librairie, 1999.
isbn 2-7654-0753-3
[Cote enssib : 025.216 GAU. Disponible pour le PEB]

Par ailleurs cet ouvrage vous livre une définition des différents types d'établissements ayant pratiqué le désherbage et confronte le résultat de l'opération (compte-rendu d'expériences).

Corrélativement à l'usage de ce manuel il vous faudra vous appuyer sur un outil juridique :
- Code général des collectivités territoriales [France] ; [annotations jurisprudentielles et bibliographiques rédigées sous la direction de Jean-Claude Douence,... ; avec le concours de Pierre Bon,... Michel Lagarde,... Andrée Coudevylle,... [et al.]]
10e édition, Edition 2007 Paris : Dalloz,DL 2006, cop. 2007
[Cote enssib : 352 COD. Non disponible pour le PEB]

Cordialement,
Le Service questions? réponses! de l'enssib 2009.02.
MOTS CLES : Collections : Politique documentaire, Collections : Documents Audiovisuels, Collections : Documents écrits, Collections : Documents iconographique, Collections : Collections patrimoniales, Monde de l'information : Aspects juridiques, La bibliothèque : organisation et environnement : Politiques publiques,