Vous souhaitez modifier des fichiers epub d'oeuvres libres de droit, et les mettre à disposition du public de votre bibliothèque.
Vous dites vouloir intervenir sur l'affichage du document, mais vous ne dites pas quelles seront les modifications apportées.
Les termes "libre de droits" peuvent être trompeurs, car même si l'oeuvre est tombée dans le domaine public, sa réédition ou sa mise à disposition dans une base de données en ligne peut entraîner la nécessité sinon d'une demande d'autorisation, au moins d'un affichage clair de la mention de source, ou de la licence creative commons choisie.
Par ailleurs certains auteurs contemporains proposent des ebooks téléchargeables gratuitement mais dans un cadre privé.
Les sites qui mettent en ligne des ebooks gratuits et libres de droits détaillent en général leurs conditions d'utilisation :
Voici  par exemple celles du site Gallica  : "Les contenus accessibles sur le site Gallica sont pour la plupart des reproductions numériques d'oeuvres tombées dans le domaine public provenant des collections de la BnF. Leur réutilisation s'inscrit dans le cadre de la loi n°78-753 du 17 juillet 1978 : La réutilisation non commerciale de ces contenus est libre et gratuite dans le respect de la législation en vigueur et notamment du maintien de la mention de source."
Source : Conditions d'utilisation des contenus de Gallica [http://gallica.bnf.fr/html/conditions-dutilisation-des-contenus-de-gallica]
 Sur le site Project Gutenberg [http://www.gutenberg.org/] , les conditions d'utilisation des ouvrages mis en ligne sont différentes.
Extrait :
" Using the Project Gutenberg Trademark 
If you want to use the name Project Gutenberg anywhere in the ebooks you distribute or on the distribution medium or in advertising you have to obey these rules: 
-you may only distribute verbatim copies of the ebooks. No changes are allowed to the ebook contents. (Though reformatting the ebook to a different file format is considered okay).
-If you charge money for the copies you distribute, you have to pay royalties to Project Gutenberg.
-You must refund your clients for defective copies or if they don't agree with the Project Gutenberg license.
-If you don't agree with any of the above mentioned restrictions, you may not use the Project Gutenberg trademark. You may still distribute the ebooks if you strip the Project Gutenberg license and all references to Project Gutenberg."

Les responsables du projet Gutenberg précisent qu'aucune modification des fichiers n'est autorisée, sauf si vous retirez de l'ouvrage toutes les mentions relatives au projet Gutenberg.
Sur le site ebooksgratuits : "Vous pouvez utiliser nos ebooks de manière totalement libre, à partir du moment où il s'agit d'une utilisation non commerciale (lorsqu'il y a la mention « auteur contemporain », le texte n'est pas libre de droit et son utilisation, autre que privée, est soumise à une demande d'autorisation auprès de l'auteur ou l'éditeur)."

Source : http://www.ebooksgratuits.com/ [http://www.ebooksgratuits.com/]

Enfin, sur le site Wikisource [http://fr.wikisource.org/wiki/Wikisource:Accueil] , les conditions d'utilisation [http://fr.wikisource.org/wiki/Aide:Droit_d%E2%80%99auteur#Creative_Commo... sont les suivantes :
"Licence libre CC BY-SA 3.0 : les textes publiés sous la licence CC BY-SA 3.0 peuvent être copiés, modifiés et commercialisés librement, à condition d’attribuer le texte et de conserver la même licence."

Il vous appartient donc d'examiner les conditions d'utilisation mentionnées par les sites sur lesquels vous comptez récupérer ces ebooks et éventuellement de les interroger directement quant aux modifications que vous souhaitez apporter.

Bibliographie :
PIERRAT, Emmanuel. Le droit d'auteur et l'édition. Paris : Le Cercle de la Librairie, 2013. 4e ed.
STERIN, Anne-Laure. Guide pratique du droit d'auteur. Paris : Maxima, 2011.

Veuillez noter que cette réponse n'a pas de valeur juridique.

Cordialement,

Le service Questions? Réponses! de l'enssib

MOTS CLES : Collections : Ressources Numériques, Monde de l'information : Aspects juridiques