Vous souhaitez connaître les différences entre l'indexation et le référencement, d'un point de vue bibliothéconomique.

L'indexation consiste à donner accès aux documents à partir d'une indication concernant leur contenu et/ou leur nature (forme, type). On considère souvent que l'indexation (appelée aussi "indexation matière") doit refléter le sens, le contenu du document. On peut aussi considérer que l'indexation a d'abord pour but de signaler les documents et d'orienter le public vers les documents pertinents : dans cette perspective, il ne s'agit pas seulement de traduire le contenu des documents, il faut aussi donner aux lecteurs les pistes qui le conduiront vers le document.
Pour résumer, l'indexation fait appel à une classification. Elle consiste à décrire finement le contenu d'un document dans le but de le rendre accessible par le catalogue par diverses entrées. Il existe une myriade de classifications différentes : numériques, alphanumériques, libres, verbales, etc. Les thésaurus font partie des classifications.

Pour ce qui concerne le référencement en bibliothèque, il est à relier avec une opération de valorisation d'un corpus numérisé d'une bibliothèque (lire cet exemple de la bibliothèque Sainte-Geneviève de Paris), comme par exemple la Bibliothèque numérique de l'Enssib.
En ce sens, cette opération de signalement des ressources numériques sur des moteurs de recherche du web est liée aux opérations informatiques de référencement des sites web. Vous pouvez, à ce propos, consulter le site de référence Abondance, tenu par Olivier Andrieu, auteur d'un livre de référence sur le sujet :
Réussir son référencement web : édition 2016-2017 [8ème édition]. Olivier Andrieu. Eyrolles, 2016.