Vous êtes en charge de la création d'une future bibliothèque patrimoniale dont les collections appartiendront à deux collectivités différentes (commune et EPCI).
Vous souhaitez savoir quelle procédure d’estampillage utiliser : une même estampille pour toute la collection et une mention des propriétaires dans l'inventaire ou deux estampilles différentes pour deux collections réunies en une.

Si nous avons bien compris votre demande, la future bibliothèque patrimoniale sera gérée par un EPCI mais ses collections accueilleront à la fois des documents dont l'EPCI est propriétaire et des documents simplement "mis en dépôt" par une commune donc sans transfert de propriété. Vous n'indiquez pas si la commune propriétaire des fonds continue d'en assumer la gestion.

Le rapport de l'Inspection générale des bibliothèques intitulé Les conséquences sur les fonds patrimoniaux de la prise de compétence Bibliothèques par les établissements publics de coopération intercommunale, aborde ce type d'exception :

Quand une bibliothèque est transférée à un EPCI , le régime qui s’applique sauf exception est celui de la mise à disposition (voir plus bas 5.1.3). L’EPCI se voit automatiquement transférer les droits du propriétaire, sauf celui d’aliéner les biens, et ses obligations. S’agissant des fonds patrimoniaux, le cas le plus fréquent est donc celui où ils ont été mis dans les formes à la disposition de l’EPCI en même temps que l’ensemble de la bibliothèque, EPCI à qui il est clair pour toutes les parties qu’incombent désormais toutes les responsabilités. A l’autre bout de l’éventail des possibilités, se situe le cas où les fonds patrimoniaux restent dans des locaux proprement municipaux et sous gestion municipale, sans ambiguïté possibles sur ce point.

Mais entre ces deux cas de figure dépourvus d’équivoque, d’autres viennent toutefois compliquer le panorama, tels les suivants :

•les fonds patrimoniaux ne font pas partie du transfert ; ils n’en sont pas moins situés dans les locaux de la bibliothèque transférée ;
•les fonds patrimoniaux n’ont pas été explicitement exclus du transfert ; toutefois, l’EPCI n’en assume pas véritablement la responsabilité. Il en résulte alors un enchevêtrement des responsabilités qui demanderait à être dénoué par un accord formel clair et qui la plupart du temps ne l’est pas. Le cas échéant, cette absence d’accord n’est pas fortuite ; elle découle du désaccord latent ou frontal des parties en présence (EPCI, communes) quant à leurs responsabilités fonctionnelles et surtout financières respectives.

De frictions résultant de l’absence d’un partage clair des responsabilités, plusieurs exemples ont été recueillis. Ainsi, le fonds patrimonial de la ville d’Argentan est sous gestion intercommunale, mais la commune a estimé anormal de ne pas être consultée, comme propriétaire, sur le projet de restauration de la pièce maîtresse de ce fonds.
Source : Les conséquences sur les fonds patrimoniaux de la prise de compétence Bibliothèques par les établissements publics de coopération intercommunale. Jean-Luc Gautier-Gentès, Hélène Richard. Inspection générale des bibliothèques, 2011.

Selon nous, si les documents dont la commune reste propriétaire sont simplement "mis en dépôt", il paraît difficile d'y apposer une estampille de la bibliothèque intercommunale, si l'on s'en tient à l'utilité d'une estampille qui est avant tout de marquer un document pour en protéger la propriété.
Toutefois, faire se côtoyer deux types d'estampilles dans l'établissement peut aussi être source de confusion.

Nous n'avons pas trouvé de document qui argumenterait pour l'une ou l'autre solution.
Nous vous invitons à prendre contact avec les établissements mentionnés dans le rapport cité ci-dessus pour les interroger sur leur pratique en la matière.
Vous pourriez également poser votre question sur la liste de discussion Bibliopat.