Vous avez besoin d'un éclairage pour différencier indexation et cotation.

Ces deux opérations, comme vous le démontrez, ont des points communs. Ce qui les différencie fondamentalement ce sont leur objectif respectif :
La cotation vise à "détermin[er] la place du document sur les rayons", tandis que l'indexation "consiste à attribuer à un document une marque distinctive renseignant sur son contenu".

La cotation peut inclure une opération d'indexation, de choix d'un indice, si le modèle de cote retenu est basé sur une classification systématique. Mais si le modèle de cotation s'appuie sur le format, le numéro d'inventaire ou uniquement sur l'auteur des documents par exemple, cette fonction d'indexation est absente de la constitution de la cote. 
L'indexation visant à identifier un ouvrage à partir des sujets qu'il traite, noter un indice ou toute autre marque d'indexation sur sa page de titre est inutile. C'est un fichier sujet/matière qu'il faut constituer pour permettre la recherche.

Par ailleurs, l'indexation prenant plusieurs formes (indice, mais aussi mots-clés), il nous parait réducteur de dire qu'elle est toujours incluse dans la cotation. Il est fréquent qu'un système de cotation s'appuyant sur une classification soit en partie formé d'un indice, et qu'en parallèle, d'autres systèmes d'indexation soient également utilisés dans la notice bibliographique du même document.
Par exemple, à la BnF plusieurs modèles de cotations coexistent. Pour un document, on peut trouver une cote contenant un indice extrait de la classification de Clément ou de Brunet et dans la notice, un indice Dewey (zone 676 UNIMARC), et une indexation RAMEAU (zones 6XX).

Pendant l'opération d'indexation, c'est la description fine, la plus exhaustive possible qui est privilégiée, quitte à utiliser plusieurs indices ou plusieurs mots-clés. Pendant l'opération de cotation, c'est la simplicité qui prime généralement, afin de déterminer une cote la plus lisible et la plus unique possible pour faciliter le classement du document. Ainsi, par exemple, nous pourrions trouver dans une notice bibliographique deux indices Dewey dans la zone 676 afin de couvrir tous les sujets traités, et dans la cote, un autre indice Dewey simplifié, choisi en fonction des règles de cotation de la bibliothèque.