Vous souhaitez connaître la différence entre les bibliothèques universitaires et les bibliothèques virtuelles.
Par ailleurs vous souhaitez savoir quels sont les principaux problèmes rencontrés par les bibliothèques universitaires et quelles sont les solutions sont envisagées.

Une bibliothèque universitaire et une bibliothèque virtuelle ne se placent pas sur le même plan : une bibliothèque universitaire est un établissement rattaché à une université ou à un établissement d'enseignement supérieur, il s'agit donc avant tout d'un service de l'université qui offre et gère l'offre documentaire à destination des étudiants, des enseignants et des chercheurs.  Cette offre peut être matérielle (collections papier) ou immatérielle (collections accessibles en ligne). Par ailleurs une bibliothèque universitaire propose bien d'autres services (fourniture de documents à distance, formations, services aux chercheurs, espaces de travail, etc.)
Vous trouverez une définition des bibliothèques universitaires suivie d'une bibliographie dans le Dictionnaire de l'Enssib.

L'expression "bibliothèque virtuelle " est de moins en moins utilisée, elle est remplacée par l'expression "bibliothèque numérique" dont elle est un synonyme. Vous vous invitons là aussi à consulter l'article "bibliothèque virtuelle" du Dictionnaire de l'Enssib qui renvoie à l'article "bibliothèque numérique".

Pour compléter, nous vous invitons à consulter une réponse très complète quoiqu'ancienne à une question proche de la vôtre :

Quelles sont les différences entre une bibliothèque électronique, une bibliothèque numérique et une bibliothèque virtuelle ?

En ce qui concerne les défis à relever actuellement par les bibliothèques universitaires, nous vous invitons à consulter un ouvrage paru en 2015 qui balaye l'ensemble des thématiques importantes qui sont :

• la reconfiguration du paysage universitaire depuis la loi LRU
• les stratégies de soutien à la recherche
• l'innovation au service de la pédagogie et de la recherche
• les réseaux documentaires
• les archives ouvertes
• les outils de découverte
• la formation des personnels
• l'évaluation des services, la valorisation et la communication

Source : Bibliothèques universitaires : nouveaux horizons. Sous la dir. de François Cavalier et Martine Poulain. Le Cercle de la librairie, 2015. Sommaire en ligne.

Une critique de cet ouvrage est disponible dans le Bulletin des bibliothèques de France.