Vous vous interrogez sur l'attitude qu'il convient d'adopter face aux étudiantes intégralement voilées dans la bibliothèque.

Selon la loi n° 2010-1192 du 11 octobre 2010 interdisant la dissimulation du visage dans l'espace public " Nul ne peut, dans l'espace public, porter une tenue destinée à dissimuler son visage." (Article 1).
Notez qu'il est précisé dans l'article  2 :  "Pour l'application de l'article 1er, l'espace public est constitué des voies publiques ainsi que des lieux ouverts au public ou affectés à un service public."

Si l'on veut être plus précis sur la qualification de l'espace public, voici la définition qu'en donne la Circulaire du 2 mars 2011 relative à la mise en œuvre de la loi n° 2010-1192 du 11 octobre 2010 interdisant la dissimulation du visage dans l'espace public :

Extrait : "Les lieux affectés à un service public désignent les implantations de l'ensemble des institutions, juridictions et administrations publiques ainsi que des organismes chargés d'une mission de service public. Sont notamment concernés les diverses administrations et établissements publics de l'Etat, les collectivités territoriales et leurs établissements publics, les mairies, les tribunaux, les préfectures, les hôpitaux, les bureaux de poste, les établissements d'enseignement (écoles, collèges, lycées et universités), les caisses d'allocations familiales, les caisses primaires d'assurance maladie, les services de Pôle emploi, les musées et les bibliothèques."

Sachant que le règlement intérieur de la bibliothèque est validé par le conseil de documentation de l'Université, il revient aux instances de gouvernance de celle-ci de prendre les décisions qui s'imposent pour faire respecter la loi.
Il faudrait que figure explicitement dans le règlement intérieur de l'université l'interdiction du voile intégral. Sans cette mention, il vous sera en effet difficile d'inscrire cette interdiction dans celui de la bibliothèque et de demander aux équipes de la faire respecter.
Il semble donc indispensable dans un premier temps de proposer l'examen de cette question à votre tutelle.