Vous voudriez savoir, suite à un changement de pratique de votre fournisseur, quel est le taux de TVA applicable aux manuscrits antiquariats sur les achats épuisés et d'occasion.

Notre service n'étant pas spécialisé en fiscalité et votre question pouvant être interprétée de plusieurs façons, nous apporterons seulement quelques éléments de réponse.

Nous vous invitons en premier lieu à consulter les dispositions du contrat qui vous lie à votre fournisseur et à interroger ce dernier à propos des textes réglementaires sur lesquels il s'appuie pour fixer son taux de TVA.

Nous supposons que vous évoquez l'antiquariat dans son acceptation courante, telle que définie dans le glossaire du centre régional de formation aux carrières des bibliothèques :

Mot d’origine allemande désignant une librairie de livres anciens. Le terme est souvent utilisé en bibliothèque pour désigner plus largement le circuit d’achat d’un ouvrage ancien ou d’occasion, difficilement trouvable en librairie

Dans ce cas, les taux de TVA sont indiqués dans le Vade-mecum de l'achat public de livres à l'usage des bibliothèques (2018) :

Le taux de TVA applicable aux livres imprimés, aux livres numériques et aux livres audio sur support physique (CD) est de 5,5%. Il est de 2,1% pour   la   presse   imprimée   ou numérique et   de   20%   pour   les   autres   ressources documentaires susceptibles d’être acquises par les bibliothèques:  livres  audio  sur support  numérique,  musique  enregistrée  sur  support  physique  ou  numérique,  films  et autres contenus audiovisuels sur  support physique ou numérique, presse imprimée ou en ligne, jeux vidéo sur support physique ou en ligne,etc.

Pour les livres d'occasion, le taux de TVA peut différer, comme l'explique le Syndicat de la Librairie Française dans son article TVA sur le livre d'occasion (2016) :

Ex 1 : Vente avec achat : une TVA à 5,5 %
Une entreprise assujettie à la TVA vend un produit d'occasion racheté à un particulier non assujetti à la TVA : cette entreprise doit reverser la TVA sur la marge qu'elle a réalisée entre le prix d'achat et le prix de vente.

Ex 2 : Vente sans achat, vente avec commission : une TVA à 20 %
Une entreprise assujettie à la TVA qui vend un produit appartenant à un particulier non assujetti à la TVA ne doit pas considérer cette vente comme du chiffre d'affaires puisqu'elle a été encaissé pour le compte du particulier. Par contre, la commission que lui laisse le particulier pour rémunérer la prestation de vente constitue du chiffre d'affaires et est donc redevable de la TVA au taux normal de 20 % quel que soit la TVA originelle du produit vendu (c'est bien la prestation de service qui est taxé, et non le produit vendu).

C'est cette nuance qui pourrait éventuellement expliquer le changement de taux de TVA appliqué par votre fournisseur.
 

Ces éléments sont utilisables si l'on considère le manuscrit comme un livre, sachant que la définition fiscale du livre n'exclut pas mais n'inclut pas non plus formellement les manuscrits.
 

Vous trouverez la définition fiscale du livre du Syndicat national de l'Édition dans son article Fiscalité (2017). Cette définition est commentée en ligne par le Café Littéraire de la Terrasse dans un article mis à jour en 2014, intitulé La librairie ancienne et la TVA.